Родился в семье архитектора. Окончил 3-ю одесскую гимназию, учился на физико-математическом факультете Новороссийского университета. Затем окончил Михайловское артиллерийское училище (экстерном; 1912) и Академические курсы Николаевской академии Генерального Штаба (1916). Участник Первой мировой войны, Белого движения (исполнял обязанности последнего начальника штаба Корниловской ударной дивизии). Эвакуирован из Крыма в ноябре 1920. В 1921—45 в эмиграции в КСХС / Югославии, жил в Белграде. Преподавал на Высших военно-научных курсах генерала Н.Н. Головина. В 1942 защитил здесь диссертацию на звание профессора военных наук по теме «Маневренная война». Вел семинары в рамках военной секции Русского научного института в Белграде. В 1943—44 редактировал г. «Русское дело» (печатный орган Русского охранного корпуса). Весной 1945 вместе оказался в Лихтенштейне, где провел 2 года. Вероятно, осенью 1947 прибыл в Аргентину. Один из создателей южноамериканского отдела Института по изучению проблем войны и мира им. Н.Н. Головина в Буэнос-Айресе. Читал лекции в Военной академии Аргентины. В течение многих лет генеральный секретарь Российского общественного совещания. Активный сторонник и проводник идеи профессиональной армии. Разработал теорию и спрогнозировал развитие различных типов войн, в том числе психологической, агитационно-пропагандистской войны, встроив ее в систему «мятежвойны».

Похоронен на Британском кладбище в Буэнос-Айресе.

О визите делегации Дома русского зарубежья им. Александра Солженицына в Аргентину в 2010 году - ссылка

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1930—1940) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 2. Белград, 1941. № 192. С. 222—223.

Соч: Мятеж — имя Третьей Вселенной. Буэнос Айрес, 1960; Современные офицеры. Буэнос Айрес, 1961; Мир без войны. Нью-Йорк, 1967; Хочешь мира, победи мятежевойну!: Творческое наследие Е.Э. Месснера. М., 2005.

Лит.: Евгений Эдуардович Месснер: Судьба белого офицера. СПб., 1997; Хисамутдинов А.А. По странам рассеяния: В 2 т. Т. 2. Русские в Японии, Америке и Австралии. Владивосток, 2000. С. 125; Бегидов А.М. Военное образование в зарубежной России. 1920—1945. М., 2001; Сухарев Ю.Н. Материалы к истории русского научного зарубежья. Кн. 1. М., 2002. С. 313; Домнин И.В. Хочешь мира, победи мятежевойну!: Творческое наследие Е.Э. Месснера. М., 2005. С. 19—70; Сенявская Е.С. Психология войны в XX веке: исторический опыт России. М., 1999; Волков С.В. Русская военная эмиграция: издательская деятельность. М., 2008. С. 383; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 2: Психологические науки. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. Н.Ю. Масоликова, М.Ю. Сорокина. М., 2010. С. 72—73; Российское научное зарубежье: Биобиблиографический справочник / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 423—424; Struve N. Soixante-dix ans d’émigration russe (1919—1989). P., 1996. P. 243.

Некр.: Русское слово. 1974. № 535/537.